I noticed that my server, an Ubuntu server 12.04, was losing time. I figured the hardware clock was off or maybe dying due to a faulty CMOS battery. I installed NTP to ensure the drift would be corrected, but to no avail. During a day it would lose 20 minutes or so.

To debug, I created a small cron job to check against a remote servers time, which I knew to be correct. The script calculates the difference in seconds between local and remote time.

The result was interesting. It seems to be losing exactly 5 minutes several times during the day. Look at this log (difference from remote server noted in seconds):

Tue Oct 23 03:30:02 CEST 2012: 284
Tue Oct 23 03:35:02 CEST 2012: 284
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Tue Oct 23 03:45:02 CEST 2012: 285
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Tue Oct 23 04:00:02 CEST 2012: 284
Tue Oct 23 04:05:01 CEST 2012: 285
Tue Oct 23 04:10:01 CEST 2012: 285
Tue Oct 23 04:15:02 CEST 2012: 585
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Tue Oct 23 04:30:02 CEST 2012: 584
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Tue Oct 23 04:40:01 CEST 2012: 585
Tue Oct 23 04:45:02 CEST 2012: 585
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Tue Oct 23 05:00:02 CEST 2012: 584
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Tue Oct 23 05:30:02 CEST 2012: 584
Tue Oct 23 05:35:01 CEST 2012: 585
Tue Oct 23 05:40:01 CEST 2012: 585
Tue Oct 23 05:45:02 CEST 2012: 584
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Tue Oct 23 10:55:02 CEST 2012: 1184
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This does not seem to be faulty CMOS battery in my opinion. But what do you think?