I built Kupfer from source on Ubuntu 13.10 and installed it into ./local. In the preferences I checked Start automatically on login.

However, Kupfer does not automatically start.

The desktop file in ~/.local/share/applications/kupfer.desktop looks like this:

[Desktop Entry]
Version=1.0
Name=Kupfer
Name[cs]=Kupfer
Name[da]=Kupfer
Name[de]=Kupfer
Name[el]=Kupfer
Name[es]=Kupfer
Name[eu]=Kupfer
Name[fr]=Kupfer
Name[gl]=Kupfer
Name[hu]=Kupfer
Name[it]=Kupfer
Name[ko]=??
Name[nb]=Kupfer
Name[nl]=Kupfer
Name[pl]=Kupfer
Name[pt]=Kupfer
Name[pt_BR]=Kupfer
Name[ru]=Kupfer
Name[sl]=Kupfer
Name[sv]=Kupfer
Name[tr]=Kupfer
Name[zh_CN]=Kupfer
GenericName=Application Launcher
GenericName[ca]=Llançador d'aplicació
GenericName[cs]=Spouštec aplikací
GenericName[da]=Programopstarter
GenericName[de]=Anwendungsstarter
GenericName[el]=??????t?? efa?µ????
GenericName[es]=Lanzador de aplicaciones
GenericName[eu]=Aplikazioen abiarazlea
GenericName[fr]=Lanceur d'applications
GenericName[gl]=Iniciador de aplicativos
GenericName[hu]=Alkalmazásindító
GenericName[it]=Lanciatore di applicazioni
GenericName[ko]=?? ???? ?? ???
GenericName[nb]=Programstarter
GenericName[nl]=Programmastarter
GenericName[pl]=Aktywator programów
GenericName[pt]=Lançador de Aplicações
GenericName[pt_BR]=Lançador de aplicativos
GenericName[ru]=???????? ??????? ??????????
GenericName[sl]=Zaganjalnik programov
GenericName[sv]=Programstartare
GenericName[tr]=Uygulama Çalistirici
GenericName[zh_CN]=?????
Comment=Convenient command and access tool for applications and documents
Comment[cs]=Nástroj pro pohodlné provádení príkazu a prístup k aplikacím a dokumentum
Comment[da]=Nemt kommando- og adgangsværktøj til programmer og dokumenter
Comment[de]=Praktisches Befehls- und Zugriffswerkzeug für Anwendungen und Dokumente
Comment[el]=?????? e??a?e?? e?t???? ?a? p??sßas?? ??a efa?µ???? ?a? ????afa
Comment[es]=Herramienta para acceso y manejo de aplicaciones y documentos
Comment[eu]=Komando eta atzipen tresna egokia aplikazio eta dokumentuentzat
Comment[fr]=Outil pratique pour accéder à des documents et lancer des applications
Comment[gl]=Ferramenta cómoda para controlar e acceder a aplicativos e documentos
Comment[hu]=Kényelmes parancs és hozzáférési eszköz az alkalmazásokhoz és dokumentumokhoz
Comment[it]=Comodo comando e strumento di accesso per applicazioni e documenti
Comment[ko]=???? ???????? ??? ???? ??? ?? ? ?? ??
Comment[nb]=Praktiskt kommandoverktøy for programmer og dokumenter 
Comment[nl]=Handige opdracht- en toegangshulp voor programma's en documenten
Comment[pl]=Wygodne narzedzie do uruchamiania programów i otwierania dokumentów
Comment[pt]=Ferramenta conveniente para acesso e gestão de aplicações e documentos
Comment[pt_BR]=Uma conveniente ferramenta de comando e acesso para aplicativos e documentos
Comment[ru]=??????? ?????????? ??? ???????? ??????? ? ?????????? ? ??????????
Comment[sl]=Prikladno orodje za izvajanje ukazov in dostopa do programov in dokumentov
Comment[sv]=Praktiskt kommandoprogram för åtkomst av program och dokument
Comment[zh_CN]=????????????????
Icon=kupfer
Exec=python /home/user/.local/share/kupfer/kupfer.py %F
Type=Application
Categories=Utility;
StartupNotify=true
X-UserData=$CONFIG/kupfer;$DATA/kupfer;$CACHE/kupfer
Terminal=false